El SEBC está dirigido por los órganos rectores del Banco Central Europeo (BCE), que son el Consejo de Gobierno y el Comité Ejecutivo. El Consejo General se constituye como tercer órgano rector del BCE. El Consejo de Supervisión es un órgano interno del BCE y se encarga de la planificación y ejecución de las funciones atribuidas al BCE en relación con la supervisión prudencial de las entidades de crédito.
La naturaleza y el funcionamiento de estos órganos del BCE se establece fundamentalmente en el Tratado de Funcionamiento de la Unión Europea (TFUE), en los Estatutos del Sistema Europeo de Bancos Centrales (SEBC) y en los respectivos reglamentos internos (del BCE, Comité Ejecutivo, Consejo General y Consejo de Supervisión).